Isu Strategis BPKAD Provinsi Kalimantan Timur :

1. Regulasi dibidang pengelolaan keuangan dan aset sangat dinamis sehingga memerlukan penyesuaian dalam implementasinya;
2. Kompentensi dan kualitasSDM terbatas;
3. Manajemen SDM belum mengarah pada peningkatan kinerja pegawai;
4. Prasarana gedung terpisah antara bidang keuangan dan bidang aset sehingga sulit melakukan koordinasi lebih cepat;
5. Penyusunan RKA-SKPD dan DPA SKPD yang masih kurang optimal sehingga berimbas pada konsistensi dan singkronisasi APBD dengan dokumen Perencanaan Daerah;
6. Pemahaman aparat pengelola keuangan daerah yang belum menyeluruh dengan Standar Akuntansi Pemerintah (SAP)